1樓:澤速浪
假設有一串行資料(sequence.fa,多序列,fasta格式),欲自己做成blast資料庫,典型的命令如下:核酸序列:
62616964757a686964616fe59b9ee7ad9431333332633039$ ./formatdb –i sequence.fa –p f –o t/f蛋白序列:
$ ./formatdb –i sequence.fa –p t –o t/f執行blast:
獲得了單機版的blast程式,解壓開以後,如果有了相應的資料庫(db),那麼就可以開始執行blast分析了。
單機版的blast程式包,把基本的blast分析,包括blastn,blastp,blastx等都整合到了blastall乙個程式裡面。
以下是乙個典型的blastn分析命令:
(待分析序列seq.fa,資料庫nt_db)
$./blastall –p blastn –i seq.fa -d nt_db –w 7 –e 10 –o seq.blastn.out
(該命令的意思是,對seq.fa檔案中的核酸序列對nt_db資料庫執行blastn搜尋,視窗大小是7,e值限制是10,輸出的結果儲存到檔案seq.blastn.out 中)。
blastall的常用引數:
-p 程式名應該是blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx中的乙個
-d 資料庫名稱,預設nr
-i 查詢序列檔案,預設stdin
-e e值限制,預設10
-o 結果輸出檔案,預設stdout
-f 過濾選項,預設t
-a 選擇進行運算的cpu個數
資料庫構建流程，簡述乙個資料庫應用系統的建立過程
圖2.1 相山地區多源地學空間資料庫構建流程 2.2.1 資料收集 相山地區有 40 多年的鈾礦勘查和研究歷史，積累了大量地質生產或科學研究資料。筆者收集的面上的資料報括原始的離散資料如航空放射性伽瑪能譜資料 航磁資料 山地重力測量資料 etm 資料，而地面高精度磁測資料僅收集到文字報告和圖件。上述...
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