1樓:北京良徑化妝造型學校
測序深度可以理抄解為對一段序襲列上的區域重複檢測
的次數,比如乙個序列被上某個片段被檢測了30次就是30x,深度越大,越準確,覆蓋度就是對你的目的基因所覆蓋的程度,比如你的序列是有30bp但是由於測序的時候某些區域沒有測到,只測到了27bp大小片段,那就是27/30等於90%
solexa測序時的測序深度和覆蓋度是怎麼理解,怎麼區別的
2樓:匿名使用者
測序深度可以理解為對一段序列上的區域重複檢測的次數,比如乙個序列被上某個片段被檢測了30次就是30x,深度越大,越準確,覆蓋度就是對你的目的基因所覆蓋的程度,比如你的序列是有30bp但是由於測序的時候某些區域沒有測到,只測到了27bp大小片段,那就是27/30等於90%
3樓:滑麗堵開
測序深度(sequencing
depth):測序得到的鹼基總量(bp)與基因組大小(genome)的比值,它是評價測序量的指標之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是乙個正相關的關係,測序帶來的錯誤率或假陽性結果會隨著測序深度的提公升而下降。
重測序的個體,如果採用的是雙末端或mate-pair方案,當測序深度在10~15x以上時,基因組覆蓋度和測序錯誤率控制均得以保證。
測序深度的介紹
4樓:一夢兩三年景
測序深度(sequencing depth):測序得到的鹼基總量(bp)與基因組大小(genome)的比值,它是評價測回序量的答指標之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是乙個正相關的關係,測序帶來的錯誤率或假陽性結果會隨著測序深度的提公升而下降。
重測序的個體,如果採用的是雙末端或mate-pair方案,當測序深度在10~15x以上時,基因組覆蓋度和測序錯誤率控制均得以保證。
現在新一代測序方法已經更多涉及疾病領域,可以潛在降低今後的致病風險,更能細緻檢視病變,為人類的健康生活提供科學保障。
5樓:紫月遠征軍瑯庫
測序深度,測序得到的鹼基總量(bp)與基因組大小(genome)的比值,它是評價測序量的指標之一。
高通量基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋度
6樓:匿名使用者
可以簡單理解為深度是一條鏈上乙個鹼基檢測到的次數,
覆蓋度是你檢測到的這個樣本的總鹼基數的百分比
高通量基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋
7樓:匿名使用者
簡潔版:
深度即:測序得到的總鹼基數/基因組鹼基數 。也可以理解為將基因組測了幾遍。
測序深度能減少假陽性和測序錯誤率。 覆蓋度原來是指基因/轉錄組上測序測到的部分佔整個組的比例,但是現在很多人把coverage也直接當depth用了。
詳細版: depth嘛,就是被測基因組上單個鹼基被測序的平均次數,比如某樣本的測序深度為30x,那麼就是說該樣本的基因組上每乙個單鹼基平均被測序(或者說讀取)了30次,注意,是平均。當然了,depth也有最大和最小值,這個都可以由資訊分析得到。
coverage就好理解了,由於大片段拼接的gap、測序讀長有限、重複序列等問題的存在,測序分析後組裝得到的基因組序列通常無法完全覆蓋所有區域,覆蓋度就是最終得到的結果佔整個基因組的比例。例如乙個人的基因組測序,覆蓋度為98.5%,那麼說明該基因組還有1.
5%的區域通過我們的組裝和分析無法得到。
至於什麼演算法之類的,太深了,應該不用了解吧~~偶也寫不出來。。。:p
當然,轉錄組也同上,
8樓:豆穎環力學
可以簡單理解為深度是一條鏈上乙個鹼基檢測到的次數,
覆蓋度是你檢測到的這個樣本的總鹼基數的百分比
深度測序和普通的二代測序有什麼區別?有什麼應用
9樓:淵源
有兩種體細胞突變容易被忽視,一種是侷限在特定組織的突變。舉例來說,如果突變只存在於大腦,而我們檢測的是血液,那就找不到這些致病突變。另一種致病性體細胞突變雖然發生在所有組織中,但是只影響一部分細胞,因此不容易被檢測到。
普通的二代測序,全基因組或外顯子組測序是將dna分成小片段,然後對各個片段多次讀取(一般是三十次)。然而,如果突變只發生在15-20%的細胞中,三十次讀取還不足以可靠地捕捉到它們,尤其是當突變只影響乙個基因拷貝時。
walsh和博士後saumya jamuar通過「定向高覆蓋度測序」技術,為158名腦部疾病的患者鑑定致病突變,這些患者的症狀包括癲癇、智力障礙、語言障礙等。
研究人員並沒有分析整個基因組或外顯子組(所有蛋白編碼基因),而是把注意力放在一系列已知或有嫌疑的基因上,並且大大提高了測序的深度。
在一些疾病如唐氏症候群中,嵌合突變相較於影響全身細胞的突變,產生的症狀要輕一些。但是很少量的變異細胞就足以引發損害人身心健康的症狀,在以往的研究中,為了從普通基因組中檢測到這些突變,研究人員就不得不增加測定的序列數量。而對少數候選基因區域進行的平均300次深度測序,就可以有效辨別被誤認為測序錯誤的突變。
高通量測序中深度和覆蓋度是什麼意思
10樓:**ile我的愛人
可以簡單理解為深度是一條鏈上乙個鹼基檢測到的次數,覆蓋度是你檢測到的這個樣本的總鹼基數的百分比
愛情與婚姻，之間的聯絡，之間的關係
我覺得其實愛情也是朋友，因為能夠好好的相處，所以可以是朋友。因為大家能夠成為朋友，進而被對方的某些因素吸引，所以想成為特別的朋友，所以成為戀人。因為有了朋友這層基礎，戀人的關係更加和緩，更加能夠理解對方，更能諒解對方。所以擁有兩個人的婚姻，過一輩子。過一輩子朋友般珍貴的婚姻。如果因為戀愛而擁有的婚姻...
利率與物價之間的關係
一 利率與物價之間的關係按照凱恩斯提出的 流動性偏好理論 認為 利率水平是由貨幣的供給曲線與需求曲線的交差點決定的。如下圖，當貨幣供給為400億時，市場均衡利率為8 當貨幣供給增加到600億的時，市場均衡利率下降到6 當貨幣供給降低到200億的時，市場均衡利率上升到10 兩者應該呈反向運動，利率上升...
簡述人類與植物之間的關係，人類與植物之間的關係
1，植物能為人類提供食物 和建築 衣服 紙張 交通工具等等 2，植物能為人類提供氧氣 3，植物能維持和改善良好的氣候環境，使得更加適宜人類生存 4，某些植物就有科研價值和仿生學價值等等。5，植物能夠提供經濟價值和美學價值。人類與植物之間的關係 1，植物能為人類提供食物 和建築 衣服 紙張 交通工具等...