1樓:匿名使用者
基因集富集分bai析 (gene set enrichment analysis, gsea) 的基本思想是使用預定du義的基因集(通zhi常來自功dao能注釋或先前實驗的結果),
版將基因按照在兩類樣本中的差異表達程度排序,然後檢驗預先設定的基因集合是否在這個排序表的頂端或者底端富集。基因集合富集分析檢測基因集合而不是單個基因的表達變化,因此可以包含這些細微的表達變化,預期得到更為理想的結果。
gsea分析有三個特點:
分析的權基因集合而不是單個基因;
將基因與預定義的基因集進行比較;
富集分析;
做富集分析,背景基因集是實驗材料所有表達的基因還是基因組的所有基因
2樓:匿名使用者
背景基因集是實驗材料所有表達的基因還是基因組的所有基因
若研究基因組中所有基因的表達差異,肯定要用晶元,不過前提如你所說需要全域性測序.螢光差異顯示就是螢光定量的前身而已,沒有必要討論.如果你要做未全域性測序的一種植物,我猜想已知的基因大約也就幾千個,你一一做qpcr也並非不可行.
而且,如果你只是做對於一種外界環境反應的基因調控變化,相關的基因也就不超過10個,好好去讀文獻找到所有相關基因做semi-qpcr就可以看到mrna水平上的基因差異了,根本不需要做全域性的基因差異表達.
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