1樓:**ile我的愛人
是你的插入片段,你要把建庫完成後的片段減去兩端加上的接頭和barcode長度就的出來的,一般建庫前和建庫後都會跑電泳或毛細管的,能得出長度
高通量測序insert size分布統計是怎麼計算的
2樓:言吾測序
說個最明了的辦法,用bwa比對軟體比對你的資料,比對結果中有一列就是insert size,直接統回計答
就好了。
如果想自己統計,那麼先把資料比對到基因組上,將read2的比對位點減去read1的比對位點加上read2的長度就是insert size了。然後怎麼統計都可以了。
高通量測序的結果怎麼計算覆蓋率
3樓:西北守望著
覆蓋度是指測序產出的資料覆蓋到目標基因組上的比例,與測序深度相關。以人類基因組測序為例:測序深度=reads數×片段大小(bp)/3000000000。
如果文庫片段是100bp,產出500w的reads,那麼其測序深度是0.167×,覆蓋度是16.7%。
在1×測序深度以內,覆蓋度與測序深度呈正相關的比例,當測序深度達到一定程度時覆蓋度並沒有顯著提高。同樣以人類基因組為例:1×測序深度其覆蓋度是63.
21%,2×測序深度其覆蓋度是87.46%,5×測序深度其覆蓋度是99.3%,10×測序深度其覆蓋度是99.99%
高通量測序一次檢測的樣本數量怎麼計算
4樓:**ile我的愛人
根據你要測序的試劑的cycles數目和你的晶元上的簇來判斷你的總資料量,再看你每乙個樣本需要的資料量是多少
高通量測序覆蓋率的計算考慮gap嗎
5樓:**ile我的愛人
需要的,覆蓋率就是指你測到的片段進行拼接所占有的基因組的比例
高通量測序中講的通量和讀數應該怎麼理解呢？有沒有人可以講的詳
通量是指同時可以測的dna樣本數目的多少，一台第一代測序儀一次性最多只能測96個樣本，而一台第二代測序儀 高通量測序儀 可以同時測數萬個樣本。乙個讀數 read 是指測序得到的乙個鹼基序列。我的理解是 讀數就是乙個待測樣本的鹼基序列，是solex測序中的乙個術語，讀數越多，就證明測序的通量越大。ro...
高通量基因組測序中，什麼是測序深度和覆蓋
簡潔版 深度即 測序得到的總鹼基數 基因組鹼基數 也可以理解為將基因組測了幾遍。測序深度能減少假陽性和測序錯誤率。覆蓋度原來是指基因 轉錄組上測序測到的部分佔整個組的比例，但是現在很多人把coverage也直接當depth用了。詳細版 depth嘛，就是被測基因組上單個鹼基被測序的平均次數，比如某樣...
用二代高通量測序技術篩選的差異表達mirna需要用qrt pcr驗證嗎
microrna mirna 是真核生來物中一自 類長度在17 25nt，具有調控基因表達功能的非編碼小rna，其調控作用是通過剪下對應的靶基因或是抑制靶基因的翻譯來實現。大量實驗證據證實，mirna幾乎參與了所有的生理和病理過程，並在其中發揮重要的調控作用。我們為您提供基於二代測序illumina...