實時定量PCR的結果分析實時螢光定量PCR的結果該怎樣分析?

2021-03-07 00:22:50 字數 6091 閱讀 9996

1樓:匿名使用者

sybergreen可以和所有核酸結合,沒有特異性。所以要保證特異性的話,最好用其他的方法。擴增體系中加入模板dna的體積,比如同時10微公升的體系,對照組加1微公升dna,實驗組加2微公升dna,則實驗組的加樣量是對照組的2倍。

看ct值是分析螢光定量pcr最直觀的乙個資料,ct值一般在35左右就失去參考價值了,平時我們實驗室用biodai-pcr螢光定量法測得的擴增曲線的起跳值基本在30左右

2樓:藣軙粡膽覓掖付

如果有標準曲線,按照標準曲線計算。一般都是相對量。則用delta delta ct方法來計算。

舉例如下:對照組基因a的ct值為20, 內參(比如βactin)ct值15。實驗組基因a ct值18,內參ct值14。

首先算加樣量:delta ct=15-14=1。2的1次方是2。

也就是說實驗組的加樣量是對照組的2倍。基因a: delta ct=20-18=2。

2的2次方是4。也就是說基因a的量在實驗組是對照組的4倍。但是由於加樣量是2倍,所以4處以2=2,最後的相對量是2倍。

幾點注意: 1。必須確定擴增的特異性 2。

只有相同目標的ct值才能相減(擴增效率有可能不同) 3。 2的某次方只是理論值,實際擴增效率低於2。 4。

最好不用syber green

3樓:邶忠茹胭

pcr是聚合酶鏈式反應,通過反覆的變性退火延伸,達到將微量dna擴增檢測的目的。目前實驗室裡多採用的是實時螢光定量檢測,一起可以讀取每次迴圈的螢光強度,並記錄達到設定的閾值的迴圈次數。原始標本含有的dna量愈多,達到閾值迴圈數愈小。

通過已知濃度的標準品為對照,定量分析樣本所含的目的dna量。

實時螢光定量pcr的結果該怎樣分析?

4樓:群英鬥將

1、如果有標準曲線,按照標準曲線計算;

2、一般都是相對量,則用delta delta ct方法來計算;

3、引物或探針降解:可通過page電泳檢測其完整性;

4、模板量不足:對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起;

5、看ct值是分析螢光定量pcr最直觀的乙個資料,ct值一般在35左右就失去參考價值了,平時我們實驗室用biodai-pcr螢光定量法測得的擴增曲線的起跳值基本在30左右。

擴充套件資料:

pvr的迴圈引數:

1、預變性;

模板dna完全變性與pcr酶的完全啟用對pcr能否成功至關重要,加熱時間參考試劑說明書。

2、變性步驟;

迴圈中一般95℃,30秒足以使各種靶dna序列完全變性,可能的情況下可縮短該步驟時間。變性時間過長損害酶活性,過短靶序列變性不徹底,易造成擴增失敗。

3、引物退火;

退火溫度需要從多方面去決定,一般根據引物的tm值為參考,根據擴增的長度適當下調作為退火溫度。然後在此次實驗基礎上做出預估。退火溫度對pcr的特異性有較大影響。

4、引物延伸;

引物延伸一般在72℃進行(taq酶最適溫度)。但在擴增長度較短且退火溫度較高時,本步驟可省略延伸時間隨擴增片段長短而定,一般推薦在1000bp以上,含pfu及其衍生物的衍生設定為1min/kbp。

5、迴圈數;

大多數pcr含25-35迴圈,過多易產生非特異擴增。

6、最後延伸;

在最後乙個迴圈後,反應在72℃維持10-30分鐘.使引物延伸完全,並使單鏈產物退火成雙鏈。

5樓:南京金益柏生物科技****

用2-△△ ct法算的話,應如何算? 假設檢測a基因,ct分別為(這裡記住ct越大,表明相對含量越低) 普通組/test1:28 實驗組1/test2:

29 實驗組2/test3:30 這時候要設對照了,假設test1為對照組(普通組),當然是以普通組為對照 那麼,相對含量為。

6樓:匿名使用者

看ct值、起始拷貝數、標準偏差等

如果是sybr做的話,再看下溶解曲線

您好,我想問一下實時螢光定量pcr的資料分析!

7樓:傻蛋嘟嘟

用2-△△ ct法算的話,應如何算?

假設檢測a基因,ct分別為(這裡記住ct越大,表明相對含量越低)普通組/test1:28

實驗組1/test2:29

實驗組2/test3:30

這時候要設對照了,假設test1為對照組(普通組),當然是以普通組為對照

那麼,相對含量為:

普通組/test1:1

實驗組1/test2:2^-(28-29)=1/2=0.5實驗組2/test3:

2^-(28-30)=1/4=0.25a基因在實驗組1和實驗組2中的表達量,分別下降2倍和4倍!

所以,就出來啦,結果

對於每組不同部位的比較的話,將其中乙個處理為1進行比較嗎?

如實驗組1

testis

brain

liver

muscle

可以把任何乙個作為1,作為對照,但是要在figure 的legend中註明出來,說清楚就好了!

那對於三個組中的同一部位的比較的話,難道也要將其中一組處理為1嗎?

是的,可以,如

brain

普通組/test1

實驗組1/test2

實驗組2/test3

就以普通組/test1,為對照組,設為1,其他為相對含量,也要在figure 的legend中註明出來說清楚!

8樓:匿名使用者

這個很簡單。你把普通組的某個部位的相對量設為1。其他的,不管是組內的,還是組間的,都用△△ct的方法算出相對量。

再進行比較。基本概念就是設乙個點為基點,其他的都是相對值。不要每比一次都設乙個1。

實時螢光絕對定量pcr實驗資料分析哪個指標啊?

9樓:匿名使用者

ct,是從基線到指數增長的拐點所對應的迴圈次數,儀器中給出的ct就是你每個孔實際的ct值

ct mean,是你相同樣品的幾個重複的ct值得平均值如果是做的相對定量,用ctmean的結果就可以了,計算方法就是r=2-δδct,現在很多儀器你只要設定的時候明確標出內參基因和目的基因,這個結果也是會有自帶軟體給計算出來的。

如果你是做絕對定量,那更方便,你只要在儀器設定的時候把你的標準品含量依次輸入,最後軟體會自動生成標準曲線什麼的,你最後只要分析og sq的結果就可以了。

10樓:匿名使用者

一般是分析他的ct,

如果是相對定量的話就是根據各樣品的ct值分析表達量的差異,

絕對定量的話就再看它的定量值,就是拷貝數

如何分析螢光定量pcr實驗結果

11樓:南京金益柏生物科技****

如果是realtime做表達

抄量,用襲excel的製圖,將每個個體的ct值平均數bai做出柱狀圖就可以了。du如果你還

zhi做了標曲的話,dao

就用製圖中的散點圖看r2值。

其實這些功能做定量pcr的時候電腦程式應該會自動分析才對,具體情況具體分析。

實時定量pcr的結果是怎樣分析的

12樓:小乾幹

1、如果有標準曲線,按照標準曲線計算。

2、一般都是相對量,則用delta delta ct方法來計算。

3、舉例如下:對照組基因a的ct值為20, 內參(比如βactin)ct值15。實驗組基因a ct值18,內參ct值14。

4、首先算加樣量:delta ct=15-14=1。2的1次方是2。

也就是說實驗組的加樣量是對照組的2倍。基因a: delta ct=20-18=2。

2的2次方是4。也就是說基因a的量在實驗組是對照組的4倍。但是由於加樣量是2倍,所以4處以2=2,最後的相對量是2倍。

5、幾點注意:必須確定擴增的特異性,只有相同目標的ct值才能相減(擴增效率有可能不同),2的某次方只是理論值,實際擴增效率低於2,最好不用syber green。

13樓:豆村長de草

實時螢光定量pcr技術是在pcr反應體系中加入螢光基團,利用螢光訊號積累實時監測整個pcr程序,最後通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。

基線在pcr擴增反應的最初數個迴圈裡,螢光訊號變化不大,接近一條直線,這樣的直線即基線。光域值threshold的設定,一般將pcr反應前15個迴圈的螢光訊號作為螢光本底訊號,螢光域值是pcr3-15個迴圈螢光訊號標準差的10倍,螢光域值設定在pcr擴增的指數期。

融解曲線是用來驗證擴增產物特異性的,如果產物是單一條帶,融解曲線就會出現一尖峰;如果有引物二聚體或其它非特異性擴增,就會出現至少兩個尖峰。

擴充套件資料:

時螢光定量pcr儀real-time qpcr 常見問題分析:

1、無ct值出現

1)檢測螢光訊號的步驟有誤:一般sg法採用72℃延伸時採集,taqman法。則一般在退火結束時或延伸結束採集訊號;

2)引物或探針降解:可通過page電泳檢測其完整性;

3)模板量不足:對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起;

4)模板降解:避免樣品製備中雜質的引入及反覆凍融的情況。

2、ct 值出現過晚(ct>38)

1)擴增效率低:反應條件不夠優化,設計更好的引物或探針、改用三步法 進行反應、適當降低退火溫度、增加鎂離子濃度等;

2)pcr各種反應成分的降解或加樣量不足,

3)pcr產物太長:一般採用80-150bp的產物長度。

3、標準曲線線性關係不佳

1)加樣存在誤差:使得標準品不呈梯度;

2)標準品出現降解:應避免標準品反覆凍融,或重新製備並稀釋標準品;

3)引物或探針不佳:重新設計更好的引物和探針;

4)模板中存在抑制物,或模板濃度過高。

14樓:匿名使用者

實時定量pcr的結果是可以和所有核酸結合,沒有特異性。

要保證特異性的話,最好用其他的方法。擴增體系中加入模板dna的體積,比如同時10微公升的體系,對照組加1微公升dna,實驗組加2微公升dna,則實驗組的加樣量是對照組的2倍。

看ct值是分析螢光定量pcr最直觀的乙個資料,ct值一般在35左右就失去參考價值了,平時我們實驗室用biodai-pcr螢光定量法測得的擴增曲線的起跳值基本在30左右。

擴充套件資料:

real-time qpcr 常見問題分析:

一、無ct值出現

1、檢測螢光訊號的步驟有誤:一般sg法採用72℃延伸時採集taqman法。

則一般在退火結束時或延伸結束採集訊號。

2、引物或探針降解:可通過page電泳檢測其完整性。

3、模板量不足:對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起。

4、模板降解:避免樣品製備中雜質的引入及反覆凍融的情況。

二、ct 值出現過晚(ct>38)

1、擴增效率低:反應條件不夠優化,設計更好的引物或探針、改用三步法 進行反應、適當降低退火溫度、增加鎂離子濃度等。

2、pcr各種反應成分的降解或加樣量不足。

3、pcr產物太長:一般採用80-150bp的產物長度。

三、標準曲線線性關係不佳

1、加樣存在誤差:使得標準品不呈梯度。

2、標準品出現降解:應避免標準品反覆凍融,或重新製備並稀釋標準品。

3、引物或探針不佳:重新設計更好的引物和探針。

4、模板中存在抑制物,或模板濃度過高。

四、負對照有訊號、溶解曲線不止乙個主峰

1、引物設計不夠優化:應避免引物二聚體和髮夾結構的出現。

2、引物濃度不佳:適當降低引物的濃度,並注意上下游引物的濃度配比。

3、鎂離子濃度過高:適當降低鎂離子濃度,或選擇更合適的mix 試劑盒。

4、模板有基因組的汙染:rna提取過程中避免基因組dna 的引入,或通過引物設計避免非特異擴增。

五、擴增效率低

1、反應試劑中部分成分特別是螢光染料降解。

2、反應條件不夠優化:可適當降低退火溫度或改為三步擴增法。

3、反應體系中有pcr反應抑制物:一般是加入模板時所引入,應先把模板適度稀釋,再加入反應體系中,減少抑制物的影響。

實時螢光定量pcr的結果該怎樣分析

1 如果有標準曲線,按照標準曲線計算 2 一般都是相對量,則用delta delta ct方法來計算 3 引物或探針降解 可通過page電泳檢測其完整性 4 模板量不足 對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起 5 看ct值是分析螢光定量pcr最直觀的乙個資料,ct值一般在35左右就失去參考價...

螢光定量PCR標準曲線,做實時螢光定量PCR實驗時,為什麼做標準曲線

具體情況要看你做的這個基因在兩個物種中的同源性。如果同源性很高,可以用同一對引物,回同一條探答 針的話,那我們就認為它在realtimepcr中的擴增效率是一樣的,標準曲線只要做一次就行了,對資料分析不會有影響 我要用ct法做螢光定量pcr,請問需要做標準曲線嗎 最好是做標準曲線,要看看擴增效率的....

實時螢光定量pcr不需要跑膠嗎,實時螢光定量PCR引物與普通PCR一樣嗎

不需要,不需要用瓊脂糖凝膠驗證。因為實時定量pcr那個儀器可以檢測螢光強弱,比膠要靈敏。假如用膠檢測mrna表達量,就不用螢光燃料,直接普通pcr就可以 實時螢光定量pcr 引物與普通pcr一樣嗎 實時定量的引物設計要求比較高,可以按普通引物設計的方法來做,但是設計時要注意擴增的片段不能太大,最好在...